BIMP-EAGA มีโครงสร้างสถาบันที่อำนวยความสะดวกในการปรึกษาหารือและการเจรจาระหว่างประเทศสมาชิกทั้งในระดับชาติและอนุภูมิภาค[16]

การประชุมสุดยอดผู้นำ BIMP-EAGA การประชุมระดับรัฐมนตรี และการประชุมระดับเจ้าหน้าที่อาวุโส จะนำเสนอนโยบายและทิศทางเชิงกลยุทธ์โดยรวม สิ่งเหล่านี้ได้รับการสนับสนุนจากสำนักเลขาธิการระดับชาติและศูนย์อำนวยความสะดวก (BIMP-FC) ซึ่งทำหน้าที่เป็นสำนักเลขาธิการอนุภูมิภาค

คลัสเตอร์และคณะทำงานเป็นหน่วยปฏิบัติการที่สนับสนุนเสาหลักเชิงกลยุทธ์โดยแปลแรงผลักดันเชิงกลยุทธ์ของแต่ละภาคส่วนเป็นโครงการ

สภาธุรกิจ (BEBC) เป็นตัวแทนของภาคเอกชนใน BIMP-EAGA มีสถานะเป็น "ประเทศที่ห้า" ในการประชุมเจ้าหน้าที่อาวุโส โดยประธานมีตำแหน่งเดียวกับเจ้าหน้าที่อาวุโสคนอื่น ๆ ในระหว่างการหารือเกี่ยวกับนโยบาย

ธนาคารพัฒนาเอเชียทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาการพัฒนาภูมิภาค BIMP-EAGA[17]

การประชุมสุดยอด BIMP-EAGA ครั้งที่ 14

สมเด็จพระราชาธิบดีสุลต่านฮัสซานัล โบลเกียห์ สุลต่านและยังดีเปอร์ตวนอากง แห่งบรูไนดารุสซาลาม, ประธานาธิบดี โจโก วีโดโด ของอินโดนีเซีย, นายกรัฐมนตรี อิซมาอิล ซับรี ยักกบ ของมาเลเซีย และประธานาธิบดี โรดรีโก ดูแตร์เต ของฟิลิปปินส์ รวมตัวกันเพื่อเข้าร่วมการประชุมสุดยอด BIMP-EAGA ครั้งที่ 14 ซึ่งจัดขึ้นเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม 2021 เนื่องจากการระบาดทั่วของโควิด-19 [18]